Pomimo że audyt podatkowy jest niezwykle istotnym zagadnieniem, przeprowadzany jest on bardzo często w związku z dokonywanymi zmianami w przedsiębiorstwie.
Jako przykład można podać postępowanie restrukturyzacyjne, wszelkiego rodzaju fuzje, połączenia, podziały, jak również zmiany osobowe, jak np. zmiana zarządu.